Odată cu declararea suveranităţii şi independenţei Republicii Moldova organele de poliţie au fost reorganizate, fiind formate structurile necesare în organizarea activităţii de combatere a criminalităţii şi asigurării ordinii de drept.

În scopul organizării eficiente a acestor activităţi, realizării sarcinilor de bază a organelor afacerilor interne, prin ordinul MAI nr. 048 din 30.12.1990 a fost creat primul Stat Major al Ministerului Afacerilor Interne al Republicii Moldova, care includea în structura sa 4 secţii: analiză organizare şi planificare; inspectare şi supraveghere; operativă; Unitatea de gardă şi Cancelaria.

Ulterior, prin ord. MAI nr. 84 din 18.03.91 a fost aprobat Regulamentul Statului Major al MAI, fiind trasate sarcinile şi funcţiile de bază.

Începând cu luna august 1996, atribuţiile Statului Major au fost completate cu noi funcţii, în structură fiind incluse suplimentar următoarele servicii ale MAI: Centrul de Presă, Secretariatul, Serviciile Juridic şi Relaţii Externe.

Din 16.09.1997 structura Statului Major a fost perfecţionată, fiind compusă din 5 servicii: analiză, planificare, organizare şi executare a programelor ministeriale; control frontal asupra comisariatelor de poliţie, organelor şi subdiviziunilor MAI; operativ; Unitatea de gardă; Plutonul de gardă şi Cancelaria.

În august 1998, au fost revăzute sarcinile Statului Major, ca urmare fiind creată Direcţia generală organizare şi inspectare (DGOI), ca subdiviziune structurală principală a Ministerului Afacerilor Interne, specializată în organizarea, analiza, planificarea şi inspectarea activităţii de serviciu a tuturor subdiviziunilor aparatului central al MAI şi organelor afacerilor interne teritoriale.

La 12.08.2002, prin ordinul MAI nr. 298 în structura organizatorică DGOI a MAI a fost inclus Serviciul operativ mobilizare - militară şi protecţie civilă.

La 04.08.2003, prin Hotărîrea Guvernului nr. 952, au fost modificate structura organizatorică, limita efectivului şi Regulamentul Ministerului Afacerilor Interne, prin care Direcţia generală, organizare şi inspectare a fost reconstituită în Stat major al MAI, care includea: Direcţia organizare, analiză-sinteză şi prognoză; Direcţia inspectări generale; Secţia operativă, mobilizare militară şi protecţie civilă, în cadrul căreia intra şi Unitatea de gardă, şi Cancelaria.

La 06 iunie 2005 prin Hotărîrea Guvernului nr. 359, Direcţia generală organizare şi inspectare şi-a recăpătat denumirea şi statutul de structură principală a Ministerului Afacerilor Interne, în analiză, pronosticare, organizare, planificare si inspectare a activităţii de serviciu şi operative a tuturor organelor şi subdiviziunilor afacerilor interne şi situaţii excepţionale din cadrul MAI.

La 26 noiembrie 2007 prin Hotărîrea Guvernului nr. 1199 s-au operat completări şi modificări a Hotărîrii Guvernului nr. 844 din 30 iulie 1998 "Cu privire la structura organizatorică, limita efectivului şi Regulamentul Ministerului Afacerilor Interne", conform căreia din cadrul Direcţiei generale organizare şi inspectare a fost exclusă Direcţia reacţionare operativă.

Conform Hotărîrii Guvernului nr. 113 din 12 februarie 2009, urmare completărilor şi modificărilor operate a Hotărîrii Guvernului nr. 844 din 30 iulie 1998 "Cu privire la structura organizatorică, limita efectivului şi Regulamentul Ministerului Afacerilor Interne", pe baza Direcţiei generale organizare şi inspectare şi Direcţiei analiză, monitorizare şi planificare strategică a fost creată o nouă subdiviziune Direcţia generală analiză, monitorizare şi evaluare a politicilor.