Apariţia şi evoluţia poliţiei transporturi în Republica Moldova este strâns legată atât de cea a celorlalte structuri ale poliţiei cât şi de dezvoltarea căilor de comunicaţie din republica noastră, care au luat avânt în perioada interbelică a secolului XX şi are începutul in anul 1940, când pentru prima dată a fost instituită Secţia Miliţiei de Drumuri la nodul de Cale Ferată Chişinău.

Ulterior, în 1981 succesor al subpiziunii nominalizate a devenit Direcţia Moldovenească a Afacerilor Interne în Transport. O filă nouă în istoria poliţiei transporturi a fost deschisă odată cu destrămarea Uniunei Sovietice. Astfel, Direcţia Moldovenească a Afacerilor Interne în Transport, prin Hotărîrea Guvernului R. Moldova nr.81 din 13.02.92 este reorganizată în Departamentul Afacerilor Interne în Transport al MAI al Republicii Moldova, cu o structură similară celei existente la ziua de azi. În cadrul Departamentului activau toate serviicile de bază precum: Statul Major cu unitatea de gardă, poliţia judiciară, serviciul de combatere a atentatelor criminale contra încărcăturilor, poliţia economică, ancheta preliminară, serviciul menţinere a ordinii publice şi inspectoratul pentru minori, expertiza criminalistică, supraveghere antiincendiară, cadre şi educaţie, aprovizionare tehnico - materială şi echipament, finanţe şi cancelarie.

În subordinea Departamentului se aflau 8 secţii liniare şi anume: în Aeroportul Chişinău şi la staţiile feroviare: Chişinău, Bălţi, Ocniţa, Ungheni, Bender, Basarabeasca şi Vulcăneşti. Întreaga activitate a organelor afacerilor interne în transport de la crearea Departamentului şi până în 1998 a fost condusă şi dirijată de generalul de poliţie Vădim Mişin. În 1998, în cadrul aplicării noii concepţii de organizare a organelor afacerilor interne, Departamentul a fost reorganizat, fiind suplinit prin Direcţia poliţiei în transporturi a MAI, în subordinea căreia, deja se aflau 7 comisariate ale poliţiei în transport, fiind exclus cel de la staţia Vulcăneşti.

În urma etapei a doua de optimizare, în 1999, în structura şi statele de personal ale Direcţiei au fost operate un şir de modificări. În perioada septembrie 1999 - ianuarie 2000, în cadrul comisariatelor de poliţie în transport Aeroport, Ocniţa, Ungheni şi Basarabeasca au fost create şi au activat posturile poliţiei de frontieră. Însă o dată cu schimbările survenite în legislaţie, pe parcursul anului 2000, funcţiile acestor subdiviziuni au fost atribuite trupelor de grăniceri şi respectiv aceste unităţi au fost reduse.

În aprilie - mai 2001, la solicitarea Administraţiei de Stat a Aviaţiei Civile, au fost operate modificări în structura Comisariatului de poliţie în transport Aeroport, în urma acestor modificări denumirea acestei subdiviziuni a fost schimbată în Comisariatul de poliţie în transportul aerian.

Prin Hotărîre de Guvern, în august 2002 comisariatul de poliţie în transportul aerian a preluat de la serviciile de profil ale aviaţiei civile efectuarea controlului de securitate al pasagerilor şi încărcăturilor transportate prin intermediul transportului aerian, respectiv fiind modificată cantitativ şi calitativ structura acestei subdiviziuni.

În cadrul Strategiei de modernizare şi ajustare la cerinţele actuale a Poliţiei R.Moldova, s-a elaborat reorganizarea Poliţiei în Transporturi, care prin ordinul MAI nr.235 din 08.07.2008 a fost formată Secţia de Poliţie Transporturi Cahul din cadrul DPT, în componenţă de 24 colaboratori, care va deserve sectorul de cale ferată Cahul-Giurgiuleşti. Efectivul total al Poliţiei în Transporturi fiind de 488 angajaţi.

În temeiul Hotărârii Guvernului nr. 778 din 27 noiembrie 2009 „Cu privire la aprobarea Regulamentului privind organizarea şi funcţionarea Ministerului Afacerilor Interne, structurii şi efectivului-limită ale aparatului central al acestuia”, precum şi în baza necesităţilor de serviciu a fost emis ordinul MAI nr.131 din 15.04.2010, prin care a fost formată Secţia poliţiei în transport Mărculeşti, din cadrul Comisariatului poliţiei în transport Aerian a DPT a DP MAI, care v-a exercita controlului de securitate al pasagerilor şi încărcăturilor transportate prin intermediul Aeroportului Internaţional Mărculeşti.

În cadrul executării de către MAI a Hotărîrilor Guvernului nr.732 din 16.06.2003, nr.735 din 16.06.2003, prin ordinele MAI nr.262 din 08.07.2003 şi 290 din 04.08.2003 în structura şi efectivul numeric al DPT şi subdiviziunilor subordonate au mai fost operate un şir de modificări.

În perioada 1998-2009 DPT a fost condusă consecutiv de către colonelul de poliţie Nicolae Obreja, colonelul de poliţie Ştefan Terentiev, colonelul de poliţie Ion Botgros, maiorul de poliţie Ion Berbinschi, colonelul de poliţie Eugen Axentiev, colonelul de poliţie Ion Ţurcan, colonelul de poliţie Tudor Hîncu.

La momentul de faţă funcţia de şef al Direcţiei este vacantă-.