Principalele sarcini ale Secretariatului MAI sunt:

- asigurarea documentară a activităţii conducerii şi a subdiviziunilor aparatului ministerului cu documente primite în Secretariatul MAI;
- controlul asupra asigurării regimului secret, caracterului conspirativ în lucrul cu documentele în cadrul aparatului ministerului şi subdiviziunilor subordonate;
- controlul asupra executării oportune de către organele şi subdiviziunile ministerului a documentelor, în baza cărora au fost încredinţate sarcini de către ministrul afacerilor interne sau viceminiştri;
- asigurarea controlului asupra examinării oportune a petiţiilor cetăţenilor în cadrul ministerului şi subdiviziunilor desconcentrate;
- conducerea metodică şi organizatorică a activităţii secretariatelor şi cancelariilor în subdiviziunile Ministerului Afacerilor Interne;
- elaborarea şi realizarea actelor normative orientate spre perfecţionarea ţinerii lucrărilor de secretariat, lucrului cu petiţiile, asigurarea regimului secret, precum şi aplicarea experienţei avansate;
- organizarea primirii cetăţenilor în audienţă personală de către conducerea ministerului.

Secretariatul MAI este responsabil şi de funcţionarea sălii de audienţă a ministrului afacerilor interne, unde cetăţenii pot depune plîngeri, cereri, petiţii adresate conducerii MAI.